El Doctorado en Ciencias Sociales de El Colegio Mexiquense se creó en 2002. El programa se inscribe en el contexto de los procesos de reorganización de las estructuras del conocimiento que cruzan todas las áreas disciplinarias en las Ciencias Sociales y ofrece una sólida formación académica para aquellos estudiantes que han tenido un vínculo con la investigación y la docencia y que por su trayectoria han mostrado tener una vocación para la investigación.

El programa de Doctorado en Ciencias Sociales consolida las actividades de investigación y docencia que se llevan a cabo en El Colegio Mexiquense, las cuales permiten desarrollar trabajos académicos de alto nivel que vinculan a los estudiantes con proyectos y líneas de investigación que se desarrollan en la institución.